PCL中的IO库提供了点云文件输入输出相关的操作类，IO模块利用50多个类与30多个函数来实现点云的获取、读入、存储等。3D点云数据的文件格式包括多种，如PCD、PLY、TXT、STL,OBJ、CSV，LAS等。
PLY文件格式是Stanford大学开发的一套三维mesh模型数据格式，图形学领域内很多著名的模型数据，比如Stanford的三维扫描数据库（其中包括很多文章中会见到的Happy Buddha, Dragon, Bunny兔子），Geogia Tech的大型几何模型库，北卡(UNC)的电厂模型等，最初的模型都是基于这个格式的。
PLY多边形文件格式的开发目标是建立一套针对多边形模型的，结构简单但是能够满足大多数图形应用需要的模型格式，而且它允许以ASCII码格式或二进制形式存储文件。PLY的开发者希望，这样一套既简单又灵活的文件格式，能够帮助开发人员避免重复开发文件格式的问题。然而由于各种各样的原因，在工业领域内，新的文件格式仍然在不断的出现，但是在图形学的研究领域中，PLY还是种常用且重要的文件格式。
LAS数据格式是一种二进制文件格式，主要用于存储机载激光雷达数据。它由美国摄影测量与遥感协会（ASPRS）在2003年发布，并经过多次改进，目前已经有1.0、1.1、1.2、1.3、1.4，5种版本。